Sekcja Rozliczeń Projektów realizuje zadania w zakresie obsługi finansowej projektów koordynowanych przez CZP, w szczególności monitorowania budżetów, ewidencji wydatków oraz sporządzania sprawozdań w częściach finansowych. Współpracuje w szczególności z kierownikami i menedżerami projektów, Działem Finansowo-Księgowym oraz Działem Księgowości Majątkowej. Sekcja uczestniczy w kontrolach i audytach projektów oraz odpowiada za prawidłowe i terminowe rozliczenie finansowe projektów.